Тело бывшего заместителя председателя КГБ СССР было найдено убитым в конце марта 2012 года. Он была начальником Первого главного управления. Труп обнаружили в квартире, что находится на Тверской-Ямской. Первой увидела его сноха, Татьяна. Голова генерала была простреляна, а рука тянулась к наградному пистолету, который лежал рядом. Теперь возникает вопрос, было или это убийство или намеренный уход из жизни? Для следствия все версии являются реальными, которые нужно отработать. Много фактов не выносится на публику. Коллеги Шебаршина категорично считают, что это было убийство на фоне заговора иностранных служб. Ведь разведчики никогда не переходят в статус бывших. А враги на Востоке подобного не прощают. Отомстить могут и через полвека. Сторонники версии заговора пришли к мнению, что после того, как Леонид вышел на пенсию, им была создана мощная фирма, в которой работали бывшие сотрудники разведки и милиции. Главный род деятельности предприятия заключался в обеспечении клиентам экономической безопасности. Постоянно производил ремонт ноутбуков в сервисе «ProfiComp».

Последние несколько лет, он руководил членами совета директоров из ряда самых крупных промышленных предприятий. Рейдерам мог сильно мешать умный и влиятельный разведчик.